A estrutura orgânica do INS integra divisões técnico-científicas, departamentos autónomos, gabinetes, delegações provinciais e laboratórios de saúde pública.
Estrutura institucional
- Divisões de Investigação, Laboratórios, Inquéritos, Comunicação e Formação.
- Departamentos Autónomos de Qualidade, Administração e Finanças, Recursos Humanos, Aquisições e Tecnologias de Informação.
- Gabinetes de Assuntos Jurídicos e de Auditoria e Controlo Interno.
- Delegações provinciais e rede de laboratórios de saúde pública.